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高雄長庚兒童內科部成立於民國75年12月，原先在醫學大樓。在民國84年兒童大樓興建完工後，兒童內科部也隨即完成搬遷事宜，第一任主任是黃嵩雀醫師，在她任內奠定了很好的醫療制度，培養了很多優秀人才，也提供一流的醫療服務，當時造福了很多南部地區的兒童。接下來的主任依序是黃崇濱主任、黃立同主任、黃高彬主任、梁啟迪主任、謝凱生主任、陳志誠主任，在七位醫師的帶領下兒童內科的醫療專業更上一層樓。111年7月田祐霖醫師擔任部主任，目前有主治醫師51位，分別在 兒童感染科、兒童神經內科、兒童血液腫瘤科、兒童心臟內科、新生兒科、兒童胃腸內科、兒童過敏免疫風濕科、兒童胸腔科、兒童腎臟科、兒童急診科、兒童遺傳內分泌科、兒童加護科 等不同專科領域服務，目前是兒科醫學會核定南部地區可訓練住院醫師最多名額的醫學中心。高雄長庚醫院兒童內科部目前有12個次專科，和51位專任主治醫師。現有五個特色醫學中心，包含兒童神經罕病中心、川崎症中心、遺傳諮詢中心、血友病中心及兒少保護中心。

目前兒童內科部有一般病床、小兒加護病房、新生兒加護病房、中重度病房及嬰兒室共258床，有16位住院醫師在此接受一般小兒科及小兒次專科訓練。訓練完成後將是未來兒童醫院主治醫師的生力軍。

除了服務病患與教學訓練之外，兒童內科也積極鼓勵論文發表，並參與研究工作。在住院醫師的晉升及主治醫師的考核，都將上述二項列為重點考核項目。以期兒童內科部在服務、教學與研究各方面均能大步迎向未來的挑戰。

在臨床兒科的訓練中，除了充份的臨床資源也因為各個次專科完備，病人數目多且涵蓋十二個次專科領域，可以達到深而且廣的兒科訓練。 每天固定晨會，包括出入院病例討論，主治醫師次專科教學，到與放射科、外科、病理科及婦產科的研討會及教學活動。 在臨床上，每天由各次專科主治醫師帶領住院醫師bed-side teaching and grand round，從學理、臨床到整個理學檢查都能吸收領會，不但是一般兒科的訓練充份完全，甚至次專科的探討也相當深入。

合理的住院醫師值班量，以不超過3天一班為原則，且逐年遞減，合理的住院醫師薪資，值班津貼補助。 各個次專科都有其特色，三年住院醫師訓練結束，所有的兒科常見疾病均能有相當的經驗，所以歷年兒科專科醫師及格率百分之百，更進一步來說，也因次專科完善，將來的選擇多樣化，可有充足的訓練。本科部的研究設備完善，住院醫師均被鼓勵參與研究和論文發表，各個次專科的考試及格率也是百分百。

住院醫師的專科醫師考試，歷年的通過率皆維持在100%的優異成績。接受訓練後之住院醫師、研究員及主治醫師皆能有獨立之臨床診斷、治療、教學和研究之能力，擴充性、發展性良好，晉升管道通暢，是南部地區病人數目最多，次專科訓練最齊全，規模最大的兒童醫療中心。

兒童感染科、兒童神經內科、兒童血液腫瘤科、兒童心臟內科、新生兒科、兒童胃腸內科、兒童過敏免疫風濕科、兒童胸腔科、兒童腎臟科、兒童一般醫學科、兒童遺傳內分泌科、兒童加護科