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由於社會結構的變遷，人民生活水準的提昇，病患對於醫療品質的需求，使得急診醫療益顯重要。而急診醫療的多元及複雜性，使得醫護人員在面對急症病人的處理時，有了更大的挑戰性。自民國98年底開院急診科即正式成立，致力於提升當地緊急醫療品質，並在院方支持下己完成各項制度的推動，例如全天候24小時急診服務、不分科急診醫療制度之建立、協助政府建立到院前緊急救護系統、推動各項急救訓練及加強人員的培訓等。目前本院急診科和其他院區急診科整合，協調各院區急診專科主治醫師支援，未來將朝全時段急診專任專科主治醫師看診為目標努力。

由全國最大的急診團隊：長庚急診醫學部提供每日全時段急診專科主治醫師看診服務，並透過多重院區急診整合，擁有共同的理念目標，共同的作業流程，共同的管理機制及共同的資訊系統。並配合鄰近六輕體系及衛生署南區緊急醫療災難應變指揮中心 (EOC)，為當地毒化災之緊急應變中心。