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職業醫學部是我國第二十五個部定專科，也是醫學中心必須設立的科別，高雄長庚醫院職業醫學部於九十三年十二月成立，參與大高雄地區職業醫學領域的相關服務。本科目前有七位主治醫師，以加聘（雙專任）的方式在本科服務，包括：神經內科陳順勝教授、胃腸肝膽科盧勝男教授、胸腔內科王金洲主任及家庭醫學科江瑞錦醫師、陳暉明醫師，潘柏霖醫師,呂岳謙醫師,前二位醫師是二十多年前(民國八十年)參與高雄醫學大學職業病防治示範中心創立的成員。
因應本院的醫療作業方式，規劃職業醫學醫療服務的方式為，由各相關專科配合，由各科由特定一位醫師在各專科開設職業病門診，經診療後認為與職業有關再轉介給本科職業病因果認定或鑑定等事宜,另外並於本科每週至少三診職業醫學專診。參與門診的醫師就是職業醫學團隊的當然成員，透過定期的討論會，互相學習彼此成長，不但可醫師自我充實，而且可以讓民眾可得到更好的照顧，希望執行之後會被認可為合理的職業醫師服務模式，也許能供其他醫院參考。
勞工健檢是職業醫學相關的重要服務，本院一直由家庭醫學科負責這個業務，王金洲 醫師於2014年2月承接職醫部主任,今為職業醫學科部行政負責醫師。此外，從2006年開始，每兩年規劃一個名額，提供職業醫學專科訓練，這將是本科永續經營的種子。
早在本科籌備時，即接受學會評為準訓練醫院。在職業醫學專科醫師訓練定位在取得一個署定專科資格後的兩年訓練，養成過程中除包括職業醫學相關課程與臨床與相關的臨床科的專業訓練之外，學會還要求與公共衛生或職業醫學研究所相當的課程，如統計學、流行病學、工業衛生等。本院有長庚大學臨床醫學研究所高雄分班與醫學教育委員會實證醫學中心兩個單位的支援下，可以提供大部份的教學課程。無法提供的部份課程可由本科自行開辦，或就近至高醫或成大選修。
以目前醫療環境，要由職業病專科醫師以單打獨鬥的方式，來提供醫療服務，訓練新的專科醫師是有困難的。醫學中心評鑑中規定一定要設立職業醫學部，想必是希望利用科的設立，整合醫學中心的力量來提供職業醫學更好的服務、訓練與研究的品質，本科揣摩制度的美意以此為準則來推動業務。

職業疾病診療：每月有16次職醫專診，另外也可經由各專科診療後認定可能為職業病，再轉介給本科醫師
胸腔科職業病:氣喘病、肺癌、肺結核、塵肺症
腎臟科職業病(臨床毒藥物諮詢及照護):農藥中毒、 重金屬暴露
職業與環境性肝病:化學性職業傷害、生物性危害、環境與肝癌
耳鼻喉科有關職業病:主觀性及客觀性聽力檢查，可進行勞保聽力殘障的審核 。
事業單位臨廠服務:針對各作業場所,了解傷害之風險及預防
環境醫學門診:每月兩次