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隨著醫療水準的提昇使疾病的存活率大大增加，人類壽命的延展，接踵而來的問題是高齡人口及慢性病患的劇增，如何使失能者能自我照顧、提高生活品質，是現代社會中病患及家屬的基本訴求。復健醫醫學因此逐漸受到重視。有鑑於此，本院於成立之初，即同步設立復健科。衛生署亦於民國七十九年開始大力推動復健醫療，南部地區復健醫療更是迅速發展。

復健治療的目標在於使有"能"之部份發揮最大潛力，治療及預防疾病的合併症，取代喪失之功能，使剩餘之"能"發揮其最大功效，訓練自我照顧及提高生活品質，提供社會及環境刺激，使病患重新回歸社會回歸職場。

本科自1986年建立至今，轉瞬已然37年，雖不算漫長，但沿路走來，亦不無艱辛之處。幸賴院方支持，及各同仁的努力，才能從南台灣絕少人認識復健一詞，到現今民眾對復健有普遍認知及需求，並在復健醫學領域中取得一席之地。以上種種亦為今後努力之原動力。

在研究發展上，結合臨床、基礎、復健、輔具及電腦科技之應用，並自民國八十六年度起接受衛生署委託辦理「身心障礙醫療復健輔助器材研究發展中心」，更與長庚大學、成功大學醫工研究所、逢甲大學自動控制工程學系、高雄科技學院電子工程系等單位合作，建立了技術合作關係，藉以提供本中心研發之技術支援。這幾年來，已經幫助許多身心障礙者，經由本科的輔助器具提供及配合職能復健服務，發揮身心最大潛能及提高生活品質，並獲衛生署主管單位之肯定。此外，本科積極提供勞政、社政機關或殘障福利機構，各種必要的專業服務、協助及支持。藉由多專業的積極介入，以協助恢復傷病勞工工作潛能，重返職場。本科自民國九十六年度起申辦「職業傷病勞工工作強化訓練計畫」，讓職災勞工醫療復健穩定後，進行之工作強化訓練，並結合職災勞工個案管理系統、聯結職業輔導評量、相關輔導及就業協助資源，幫助他們儘速復工，並能防止再次職場上之傷害，以減少勞工身心俱挫、家庭經濟負擔、雇主損失及政府之支付成本。

復健科是一個醫療團隊，目前醫師人力方面計有科主任一名，主治醫師十一名(含鳳山一名)，及住院醫師七名。相關專業技術人員(物理治療師、職能治療師、語言治療師、音樂治療師、復健心理治療師)計有三十八人。除了門診之診療復健外，本科另設有專屬復健病床共66床，提供腦中風、脊髓損傷及腦外傷病患急性及亞急性期的積極復健治療。本科目前提供的復健治療包括物理治療、職能治療、語言和吞嚥治療、音樂治療、擬預計增加復健心理治療、義肢輔具裝具製作等。治療室空間分別設置於復健大學八樓(約1500坪)、醫學大樓三樓(肢體創傷復健中心110坪)、兒童醫院十二樓(運動醫學中心250坪)，共計近2000坪。

為提升醫療品質，本科先後引進軟組織暨骨震波治療、增生注射治療及自體血小板濃縮液(PRP)注射治療，以提供病患先進多元的醫療服務。此外本科也設置有神經傳導及肌電圖檢查室用以診斷神經病變和損傷的位置與嚴重程度，協助醫師做正確臨床診斷、選擇治療方式、評估治療效果和預後；並有肌肉骨骼體外震波提供各種慢性肌腱炎及鈣化性肌腱炎的有效治療；成立吞嚥功能訓練中心，以雙頻道吞嚥功能電刺激合併吞嚥治療，為南部提供最優質的吞嚥治療服務；設立中南部第一所醫院體系的「音樂治療」，聘請留加專業音樂治療師服務南部病患；並提供功能性鞋墊製作，治療對足部病變或變形所產生的足部疼痛；並且和心臟內外科跨團隊合作提供心臟復健治療。近年來本科更購置最新型高解析度之超音波可對軟組織和肌腱疾病作精確診斷和超音波引導注射治療。近來也開始積極推廣自費治療項目重覆經顱磁刺激治療(rTMS)。

成立特色運動訓練中心，整合美國費雪訓練中心與日本鳥取的3D訓練模式「BMLT(Beginning Movement Load Traning，初動負荷訓練)」系統的特色，提供選手復健治療與訓練的理想環境。此模式為國內首創，完整的運動醫學與運動科學的結合，提供選手完整照顧與訓練。建構以運動員為中心的整體照護模式 。