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　中醫藥臨床運用已有幾千年的歷史，進來亦逐漸為世界各國所接受。如何運用現代科學研究，找出更有效的中醫藥治療方法，以及對古人流傳下來的寶貴經驗，予以發揚光大，已成為世界潮流，也是本院中醫部的目標。
　長庚醫院在王永慶董事長的指示之下，於八十五年七月率先在林口院區成立中醫科系，受到各界的讚許，和民眾的信任。然而南部一直缺少兼具傳統精神和現代科技的中醫機構，於是高雄長庚醫院在王清貞院長的大力推動之下，於八十九年七月亦成立了中醫科系以服務及照顧南部的民眾。
　高雄長庚中醫部的醫師群們，對中醫內科、婦兒科、針灸科、骨傷科均有涉獵，各有專長，且每位醫師的西醫背景及知識亦十分充實完整，有西醫專科執照的中醫師佔九成以上，對南部高高屏的民眾來說，至充足西醫學識配合完整豐富中醫臨床經驗的醫師的本部門就診，是一大福音。也是更令民眾放心的中醫求診處。
@組織架構 114.03.01 更新
部主任：蔡明諺 部主任
副部主任：沈哲民 副部主任
中醫內科主任：張正杰 主任
針　灸　科主任：黃博裕 主任
骨　傷　科主任：劉俊廷 主任
婦　兒　科主任：吳蓓禹 主任
中醫病房主任：吳思穎 主任
教學組負責人：沈哲民 副部主任

目前高雄長庚中醫科系分為中醫內科、中醫婦兒科，針灸科及骨傷科，每位專科醫師對其他科的學問均涉獵廣泛，了解深入。目前中醫內科有張正杰醫師、蔡明諺醫師、薛敦品醫師、高照為醫師、鄭宇真醫師、施淳瀚醫師、許詠棠等七位主治醫師，皆擁有中、西醫雙執照；中醫婦兒科有廖晏農醫師、吳蓓禹醫師、洪怡錂醫師(兼任)、金玠縈醫師、謝巧萱醫師、陳映融醫師等位六主治醫師為大家提供服務。針灸科則是學有專精的胡文龍醫師、黃博裕醫師、郭純恩醫師、朱志德醫師、邱顯學醫師、林建宏醫師、蔡宜洵醫師等七位主治醫師。骨傷科有盧政男醫師、沈哲民醫師、畢國偉醫師、劉俊廷醫師、吳思穎醫師、曾詩婷醫師及陳壬鳴醫師等七位提供骨傷科之醫療服務。　　
本院中醫科系的發展朝臨床、教學、研究三軌並重的方向進行。培養出許多優秀的住院醫師及實習醫學生，除大力延攬及培育人才之外，並推動多項研究計劃的進行，期能以科學的方法逐步揭開中醫藥的奧妙，為現代醫學創造新的成果，並為傳統的中醫學術找到科學的理論基礎，並希望能為臨床治療病人提供更多可能性及確切性。