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眼科歷屆系主任：
第一屆 眼科系主任 林淑妍醫師
第二屆 眼科系主任 鄧美琴醫師
第三屆 眼科系主任 郭錫恭醫師
第四屆 眼科系主任 吳佩昌醫師
第五屆 眼科部主任 陳勇仁醫師
第六屆(現任) 眼科部主任 郭明澤醫師
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沿革
1986年　林淑妍醫師擔任眼科首任主任，帶領鄧美琴、陳墩碌等2名主治醫師及7名住院醫師，成立眼科團隊；於醫學大樓7樓設置
　　　　　眼科門診、病房及開刀房。
1993年　提升為眼科系，並設置次專科有視網膜科、青光眼科、角膜科、小兒斜弱視暨眼屈光科等次專科。
1995年　高雄長庚兒童醫院開幕，設立兒童眼科門診，並含各次專科醫師。
1996年　鄧美琴醫師擔任第二任眼科系主任，主治醫師成長至13名，住院醫師15名，加上醫技及護理人員，全科同仁約近60人。
1997年　引進高雄地區第一部準分子雷射儀器，為廣大眼鏡族提供最新屈光矯正手術。
2002年　郭錫恭醫師擔任第三任眼科系主任，主治醫師17名、研究員醫師2名、住院醫師8名、門診技術員21名及手術室護理人員
　　　　　10名，鼓勵科系醫師人才國內外進修碩博士學位、推動科系學術研究風氣。
2002年　設置眼部美容暨準分子雷射中心，由方博炯醫師擔任中心負責人，並開立準分子雷射門診，提供近視雷射、眼睛健檢及
　　　　　眼部美容服務。
2006年　高雄長庚復健大樓開幕，眼科本科系成人門診遷移至復健大樓二樓。
2008年　配合成人門診遷移至復健大樓二樓，眼科病房遷移至兒童醫院8F病房區；方博炯醫師申請夜戴型角膜塑型隱形眼鏡人體
　　　　　試驗案，經人體試驗委員會及衛生署審核，為台灣首位進行角膜塑型臨床試驗研究計劃主持人，該研究結果通過衛生署
　　　　　審查並核發全國首張角膜塑型夜戴型隱形眼鏡醫療器材許可証。
2009年　配合癌症中心設置計劃，眼科開刀房遷移至兒童醫院5F大開刀房；眼科系吳佩昌醫師、郭錫恭醫師、方博炯醫師、陳志信
　　　　　醫師及李仲哲醫師等醫師，合作發明抑制近視度數增加之低濃度阿托平眼藥劑及其製造方法，並取得中華民國專利証書。
2011年　通過行政院衛生署評鑑核准成立眼角膜/鞏膜/羊膜保存庫，由角膜科主任方博炯醫師擔任醫學主管，眼科開刀房李免護理長
　　　　　擔任品質主管；成立近視防治中心，由吳佩昌醫師擔任中心負責人，設置中心醫師團隊、個管師1名，專任研究助理1 名。
2012年　吳佩昌醫師擔任第四任眼科系主任，科內成員有主治醫師16名、研究員醫師1名、住院醫師10名、門診技術員21名、近視
　　　　　防治中心個管師1名、手術室護理人員12名、研究助理8名；承接國健署「國小低年級學童視力保健介入計劃」委託案，
　　　　　介入措施之結果發表獲得國際重視，榮獲2015年第43屆美國公共衛生年會頒發Dr. Mel Shipp最佳摘要獎。並於2018年
　　　　　發表在重量級眼科期刊雜誌Ophthalmology(IF 7.479)
2014年　因應中華民國眼科醫學會新制評鑑標準，依主治醫師個人專長分組設置青光眼科、角膜科、視網膜科、小兒暨斜弱視科、
　　　　　眼整型科、眼屈光、葡萄膜炎及眼神經科等八大次專科，並規劃培養各次專主治醫師人才，強化各次專科醫師團隊，
　　　　　以完整專科醫師教學訓練。
2015年　近視防治中心以主題「近視竟失明，戶外來護EYE！近視稍息~從離島到新視界」參加國家生技醫療品質獎／社區服務組
　　　　　競賽， 榮獲國家品質標章(SNQ)認證，為第一個榮獲SNQ近視防治團隊；並與國健署、國教署合作，以戶外活動防近視
　　　　　策略至全國分區國小學校進行研究推展工作。
2016年　榮獲入選，醫策會醫病共享決策輔助工具競賽-「白內障手術植入人工水晶體之選擇」。
2017年　舉辦第一屆「台灣近視病新知研討會」，提升眼醫近視新知專業，跨部會推動近視防治相關議題；參與「公共政策網路參
　　　　　與平台」，提點子讓全國民眾及政府相關權責單位正視近視防治相關議題，並具體著手進行相關政策推動，如低濃度阿
　　　　　托平藥水上巿、下課教室淨空。
2018年　吳佩昌醫師與近視防治中心持續主持教育部學童視力保健計劃，協助教育機關跨部會協調兒童視力保健政策，於全國各區
　　　　　推動近視防治預防醫學。
2019年　近視防治中心主辦：兒童近視Hold得住，散播光明 散播愛(Eye)項目，通過評核授予SNQ國家品質標章；並以卓越品質
　　　　　榮獲國家生技醫療品質獎 銀獎。

視網膜科：目前為南台灣主要的視網膜團隊，且醫師群多具備有國內、外進修之豐富資歷。醫師群針對不同網膜疾病進行研究，配合本科系資源整合，針對不同網膜疾病病人，提供先進的療法，並採團隊醫療方式進行治療。擁有之特色醫療包括：視網膜剝離、糖尿病網膜病變、黃斑病變及手術，早產兒視網膜病變照護，虹彩炎與葡萄膜炎診斷治療。

角膜科：專精於角膜、結膜及外眼部疾病的診斷治療與手術，除各項基本眼角膜檢查設備外，並擁有層狀角膜移植手術等先進手術儀器。
本科分子生物實驗室亦針對角膜感染病原菌提供更精準的診斷，對於隱形眼鏡及角膜塑型鏡片的驗配及其安全性提供更佳的服務。

兒童眼科：針對兒童常見的近視問題，提供低濃度阿托平眼藥水及角膜塑型來控制近視，在社區方面，與學校合作，配合學校視力檢查，提供近視防治衛教宣導，並積極倡導近視預防的重要性及行為策略。

青光眼科：醫師群對於青光眼的診療均有豐富的臨床經驗，利用擁有的各項功能性及結構性的檢查，得以早期診斷、早期治療青光眼病人，並追蹤後續青光眼的變化，調整必要的治療。

斜弱視暨眼神經科：致力於小兒眼科疾病、複視及視神經病變的診斷與治療。診斷方面著重於幼兒斜弱視及屈光異常的早期篩檢，複視及視神經病變原因的鑑別。治療方面則依據各個幼童造成斜弱視的原因與合作度不同，複視及視神經病變原因與預後之不同而作適時適當的矯正。

眼整型科：本科致力於眼瞼、眼窩及淚器等疾病之診斷與藥物治療、手術治療，提供病人眼部重建或美容整型上之醫療服務。