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本科與嘉義長庚紀念醫院時同時成立於2001年12月，當時名稱為臨床病理科，2009年更名為檢驗醫學科。

2006年通過台灣全國認證基金會(TAF) ISO15189醫學實驗室認證，2009通過行政院衛生署傳染病檢驗機構認可實驗室，2012年通過美國病理學會 (The College of American Pathologists，CAP) 認證，提供雲嘉南地區民眾高品質的檢驗服務。

本科共52名工作人員含33名醫檢師、7名技術師、5名護理師及7名行政人員，負責全院臨床檢驗工作。本科以及時且準確的檢驗服務為品質政策，依檢驗流程前、中、後設立多項品質指標，及時監控審查檢驗品質，如發現潛在風險，導入PDCA或以品管圈活動改善作業流程，增進病人安全。

本科提供24小時檢驗服務，依作業特性分成抽血組、生化血清組、血液血庫組及微生物分生組，採用最新儀器設備如全自動檢體輸送軌道系統搭配全自動生化、免疫檢驗系統、全自動血球計數儀、全自動血片製作染色機及流式細胞分析儀等，由通過訓練考核的醫檢師提供檢驗服務，每年進行教育訓練及檢驗能力考核，確保各項檢驗作業正確執行。

檢驗作業量每月約31萬件，件數逐年增加。除接受臨床醫囑之檢驗服務，每年也承接多起廠區勞工體檢。此外本科持續發展新的檢驗項目如結核菌核酸檢測、病原體多標的核酸檢測及腫瘤相關分子檢測等，持續精進以符合臨床需求。

本科提供24小時檢驗服務，依作業特性分成抽血組、生化血清組、血液血庫組及微生物分生組，採用最新儀器設備如全自動檢體輸送軌道系統搭配全自動生化、免疫檢驗系統、全自動血球計數儀、全自動血片製作染色機及流式細胞分析儀等，由通過訓練考核的醫檢師提供檢驗服務，每年進行教育訓練及檢驗能力考核，確保各項檢驗作業正確執行。