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病理學為臨床醫學的基礎，病理檢查則為疾病診斷與治療的依據。為提供雲嘉南地區民眾優質病理檢驗服務品質，2001年12月本科與嘉義長庚紀念醫院時同時成立，由病理科主治醫師兼任病理科主任。

　嘉義長庚病理科迄今十餘年已歷經3位主任分別為林博彥主任醫師(90年12月~102年12月)、陳芬芬主任醫師(102年12月~108年06月)及吳侑庭主任醫師(108年7月~迄今)，並為加強實驗室品質系統及研發能力，促使臨床服務、研究與教學緊密結合。本科各項服務於91年本院開幕時即全面上線，包括外科病理及細胞病理。隨著檢驗技術進步及新興疾病發展，於104年10月設立分子病理診斷。

　本科作為臨床醫師堅強之後盾，積極推動及提升院內解剖病理品質，並以提供病人最佳服務為宗旨，配合癌症中心積極參與各癌症團隊之運作，加強各種癌症在雲嘉地區之早期診斷治療，讓病理診斷和臨床治療密切結合。

　本科負責病理組織切片、快速冷凍切片以及細胞學病理診斷。提供常規H&E染色Papanioolaou's染色、特殊化學染色、免疫組織化學染色、免疫螢光染色、原味雜交染色檢查，主要觀察細胞超微結構之病理變化，提供臨床精準性之病理診斷。未來將持續從事更深度病理檢驗之研究，以提供更好的病理診斷依據。

　現有專任解剖病理專科醫師6名，解剖病理醫檢師6名及書記2名，負責解剖病理科相關作業。醫事技術人員皆具醫檢師及細胞醫檢師證照，本科人員皆定期接受教育訓練以提供最完整病理報告讓病人能獲得完善之臨床處理 。