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本科於90年12月成立，目前本科專科主治醫師醫師共18人，本科對於各種消化道疾病的診斷與治療皆有能力施行，以最新穎的設備、人性化的檢查室及高品質的精緻醫療，提供消化系疾病之醫療服務、教學及研究，同時提供有關消化道疾病之諮詢、定期舉辦衛教宣導活動，讓病人得到全方位的醫療照護，達到以病人為中心之高品質醫療。

　　隨內視鏡技術的進步，消化道內視鏡除了診斷以外，更可以內視鏡治療消化道疾病，免除病患手術的痛苦。本科成立消化系內視鏡中心，由精湛內視鏡技術醫師組成，以內視鏡治療相關技術的應用與發展為志，引進最先進治療技術，由專業的醫師與護理技術人員，提供病患最優值的醫療服務。

　　雲嘉地區是慢性Ｂ型及Ｃ型肝炎最高盛行率的地區，肝癌更是高發生率，本科特別成立肝病中心，以更確切提供民眾所需要的服務，針對BC肝炎帶原者及慢性肝病患者建立長期追蹤服務，建立資料庫提供治療與追蹤成效。並設立肝癌特別門診，近期更引進最先進肝臟纖維化超音波掃瞄(ARFI)，以提供病患最優質新穎的醫療照護。