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民國67年長庚醫院成立之初兒童胃腸科由歐熾醫師開立先鋒，經由江文山醫師前後二十幾年的貢獻與耕耘，自民國82年兒童醫院成立後，更積極培訓人才，目前北部各院區共有主治醫師6位，在新竹地區以北的北台灣均為長庚兒童醫院服務範圍。兒童胃腸肝膽科服務範圍包括門診、住院、急診、腸胃道疾病的照會，與多項特殊專科檢查(如腹部超音波、消化道內視鏡等)。
兒童胃腸科在小兒科的領域中佔有一大部分，最主要是因為兒童腹部或腸胃道症兆及疾病為數不少，在急診或門診求診的病童中就有近4成具有腹部徵兆，在住院病童中，因腸胃及肝膽疾病而住院的約佔全部住院病童的20~30%左右。常見的腸胃疾病如腸胃炎、急性腹痛、慢性腹痛、便秘、腸套疊、盲腸炎、消化性潰瘍疾病等；而常見的肝膽疾病如黃疸，有關的疾病如肝炎、膽道閉鎖與膽道囊腫等。在諸多腸胃疾病中輕者可能僅需藥物治療，但嚴重者可能需要積極治療包括開刀，甚至威脅到生命，需要小兒胃腸肝膽科醫師的診斷與治療。

兒童腸胃肝膽相關疾病之診斷與治療，運用本科的特殊檢查(如腹部超音波、消化道內視鏡等)，更可進一步診斷腹部特殊疾病。本科特殊檢查介紹如下：
1.腹部超音波
這項檢查是非侵襲性，迅速且操作方便之檢查工具，因此經由專業訓練且有豐富經驗操作者可診斷如腸套疊、盲腸炎、腸阻塞、腹膜炎、腹內膿瘍、腹部腫瘤、腸破裂等急性腹症，在腹部腫瘤如肝瘤與其他腹腔內腫瘤也具有相當高的敏感度與準確性。在特殊疾病如骨盆腔病變、如卵巢扭結、骨盆腔發炎等均可作為輔助診斷的工具。在泌尿系統方面，腎臟實質病變、尿路阻塞病變、腎臟腫瘤均可經由超音波輔助診斷。此外在生殖器官方面，也可由超音波來評估性別上之異常，或有發育過早或性晚熟的臨床問題。
2.消化道內視鏡
它雖為侵襲性的腸道檢查工具，但經由週詳的檢查前準備，一般發生危險的可能性很低。在臨床運用方面，在上消化道內視鏡檢查中，可診斷出食道炎、食道灼傷、食道靜脈曲張、食道異物吞入、食道裂傷、胃炎、胃潰瘍、十二指腸炎、十二指腸潰瘍，或特殊疾病如息肉、腫瘤，血管炎也可由這項檢查得到查證，下消化道內視鏡檢查則可偵測下消化道出血如腸道發炎疾病、偽膜性大腸炎、息肉、腫瘤、潰瘍等，另腸道狹窄、血管炎或其他特殊腸道病變也可經由下消化道內視鏡檢查加以佐證。上述內視鏡檢查尚包括幽門桿菌偵測、組織切片檢查、食道靜脈曲張的硬化治療或結紮治療，也可運用於腸道異物吞入之治療。此外，可藉由上消化道內視鏡的輔助置放胃十二指腸餵食管，以提供特殊病患的餵食方式。
3.其他檢查
如肝生檢用於慢性肝炎追蹤，特殊肝臟疾病的診斷，另如超音波應用於腹水或膿瘍之抽吸診斷及治療。
4.24小時食道pH monitor
為診斷胃食道逆流最精確的檢查。
5.氫氣吹氣測定檢查(Hydrogen Breath Test)
◇Lactose(乳糖不耐)
◇Lactulose(小腸吸收功能與菌叢增生症)