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基隆外科部包含骨科共有8個專科； 一般外科、胸腔及心臟血管外科、腦神經外科、整形外科、泌尿科、骨科、大腸直腸肛門科及小兒外科(兼任)；並設有外傷中心、美容中心及一個加護病房。檢查室的部分有：一般外科檢查室、乳房超音波、膽道鏡檢查室、職能治療室、泌尿科檢查室、尿道力學檢查室、震波碎石及大腸直腸肛門治療室等特色醫療項目。本部擁有60多位主治醫師、及20多位住院醫師，每年門診服務量超過十萬人次，執行手術超過１萬台，並持續醫學研究，每年超過百篇ＳＣＩ論文發表，期能嘉惠更多病患，提供醫學中心級的服務與治療。

各次專科上年度發展之重點及特色：
A.一般外科(簡志穎主任)：發展微創肝癌治療、發展腹腔鏡手術、發展乳癌治療、發展小腸再生組織工程研究、加強老年醫學服務、繼續乳房篩檢計畫。
B.胸腔及心臟血管外科(王耀章主任)：發展胸腔外科手術，發展心衰竭治療中心、發展心室輔助設備、心臟衰竭的基礎研究、發展血管外科手術、發展胸腔內視鏡手術、引進縱膈腔鏡手術、發展周邊動脈阻塞治療、本土心室輔助器研究、強化葉克膜治療結果。
C.腦神經外科(顏君霖主任)：發展新式微創脊椎內視鏡手術、發展顯微神經手術、發展雷射微創脊椎手術、加強腦瘤手術治療、提升腦血管疾病治療、脊椎損傷基礎研究。
D.整形外科(蔡嘉軒主任)：強化美容中心服務、加強顯微重建手術、發展顱顏重建手術、發展傷口照護、發展血管雷射治療、軟骨及幹細胞基礎研究、強化燙傷治療服務。
E.泌尿科(劉冠麟主任)：發展前列腺雷射手術、前列腺癌基礎研究、發展婦女尿失禁手術治療、發展活體腎臟移植手術、發展泌尿內視鏡手術。
F.直肛科(范仲維主任)：發展大腸直腸癌基礎研究、發展大腸直腸癌症復發治療、推動大腸鏡篩檢計畫、完成大腸直腸癌治療指引。