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台北院區是台灣兒童牙科專科門診的先驅，成立迄今已近30年。凡18歲以下兒童及青少年有關於口腔疾病或保健問題，皆可看診。看診對象除了一般門診的健康孩童之外，還有來自於院內相關科系會診病童、特殊需求兒童；又因是國家評鑑醫學中心，也接受許多由地區診所或醫院轉診之病例，在醫療及行為處理上均比一般小兒牙科院所有特殊獨到之處。

服務對象：兒童牙科的對象，是針對零歲至十八歲的嬰兒、幼兒、兒童及青少年。
兒童牙科的範疇則包括有：小兒口腔診斷、小兒口腔門診手術、定期保健塗氟處置、口腔衛生保健諮詢輔導、兒童蛀牙填補、兒童牙髓根管治療、乳牙及青少年恆牙外傷處置、全身麻醉全口重建、早期齒顎生長發育矯正治療。
科際合作：除與牙科其他各科如牙科系的口腔外科義齒補綴科，根管治療科等均有連繫外；小兒科系的兒童血液腫瘤科，兒童醫學遺傳科、兒童感染科、兒童心臟內科、兒童心智科等均有配合交流合作，以提供全面性的口腔醫療，更進一步提供身心障礙重症病童的口腔照護。