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一、高屏區最早的公立醫院
　　鳳山醫院的歷史可追溯至日治時期。早在 1896 年日治時期臺灣總督府即於鳳山設立官立西式醫院，為當時高屏地區首批官方設立醫院，也是南部早期西醫制度的重要起點，肩負區域醫療與公共衛生任務。然而隨著行政中心與人口移動，鳳山醫院於 1910 年遷移至阿緱（今屏東）改制為醫院，之後陸續於 1914 年成立打狗醫院、恆春醫院，見證了高屏地區醫療發展與城市重心轉移的歷程。1948 年元月，高雄縣參議會提案通過設立高雄縣立鳳山醫院，遂於 1949 年 12 月 25 日，交接高雄縣衛生院(現今鳳山區光遠路高雄巿刑事及保安警察大隊所在地)正式成立門診部，並將日治時代為神社(本院現址)之處，修改後充作病房，開始營運。1961 年在美援會贊助下，配合本縣預算遷移至新建之衛生中心大廈(現今鳳山區公所及衛生所所在地)營運。
　　1977 年高雄縣政府於本院現址興建三層樓醫療院舍並於 1980 年 4 月竣工，1988年 8 月至 1992 年 7 月縣政府與高雄醫學大學附設中和紀念醫院簽訂醫療合作計劃，委由高雄醫學大學經營。1992 年 8 月起高雄縣政府收回控管權，自行遴選醫師經營。2000 年縣政府公開招標將鳳山醫院改以公辦民營並委託長庚紀念醫院經營並於 6 月 5 日正式對外開放醫療作業。次年起定期接受並通過醫策會醫院評鑑。2006 年起承辦醫策會醫學系 PGY 社區醫學基本課程及社區醫療實務。

二、轉為市立醫院：深耕社區
　　2010 年 12 月高雄縣巿合併，於同年 5 月份經高雄巿政府及長庚醫療財團法人雙方用印後，合約變更正式完成。2010 年起承接國健署癌症篩檢計劃，早期發現早期治療，也將疾病預防的觀念在全體員工及社區民眾宣導及衛教，奠定日後發展預防醫學的基礎，2022-2025 年平均每年癌篩民眾已超過 15,000人次。此外本院以「低劑量電腦斷層掃描肺癌篩檢綠色通道」主題獲得 2025 年亞洲醫療照護獎「年度服務傳遞創新措施醫院獎」(Healthcare Asia Awards Service Delivery Innovation Initiative of the Year)。

三、承先啟後：新大樓一、二期完工啟用
　　2021 年 10 月 13 日本院一期大樓正式開幕啟用，醫療服務全面搬遷至新大樓，大幅提升整體醫療量能、擴增醫療空間，急性病床數增加至 99 床，並新增外科服務，設置現代化開刀房與加護病房，導入電腦斷層掃描（CT）、磁振造影（MRI）及心導管室等重大醫療設備，醫療專科由原 12 科大幅擴增加至 20 個專科，整體診療能力顯著提升，使本院具備提供媲美醫學中心等級醫療服務之基礎。其後，原有三層樓舊院區建築在完成階段性任務後予以拆除，並接續推動第二期大樓興建工程，持續擴充整體醫療服務量能，也於 2024 年通過教學醫院評鑑。2025 年獲頒國民健康署糖尿病健康促進機構照護品質「計畫執行成果」及「機構特色主題」金獎；腎臟病健康促進機構照護品質地區醫院組銀獎及創新獎、醫策會第 26 屆 NHQA 國家醫療品質獎地區醫院組特優機構、淨零機構優等、台灣永續能源研究基金會台灣永續行動獎 非企業組 SDG3 金級等獎項。
　　2025 年 12 月 29 日本院第二期工程正式完工開幕，此為院區擴建計畫之重要里程碑。一、二期大樓為地下三層、地上十層之現代化智能綠建築，新增門診空間、急性病床擴增至 250 床，全面擴充醫療服務。同時本院亦導入智慧醫療系統，並積極實踐永續發展理念，推動綠色醫療與環境友善措施，包含節能減碳、智慧管理及資源有效利用，並強化社區健康促進與預防醫學，致力達成環境（Environmental）、社會（Social）及治理（Governance, ESG）之整體目標，持續提供更即時、完善且具實踐永續之高品質醫療照護。