沿革：

    高雄長庚醫院開幕於民國七十五年元旦，當時小兒腸胃科尚無次專科的訓練，可以說是附屬於成人腸胃科，很多檢查，諸如腹部超音波及胃鏡也都與成人腸胃科共用，民國八十二年四月長庚兒童醫院成立之初即另外設立小兒檢查室，內有腹部超音波室及內視鏡室，開始了與成人腸胃科分家的路途，民國八十二年六月正式有小兒消化次專科的成立，高雄長庚也隨即取得次專科醫師的執照，並開始了兒童腸胃次專科的訓練，另外隨著高雄長庚醫研部的成立，本科也開始積極參與研究的行列。

本科特色：

    常有人說兒童胃腸科就是「看阮仔漏屎」的那科，這句話雖非全然誤解本科，因為兒童胃腸科病人的主要來源的確是腸胃道感染，上吐下瀉，但也不盡然，因為本科除了會看小孩子拉肚子以外，也有很多腹痛的小朋友，必須藉由本科專有的腹部超音波及內視鏡（包括上消化道內視鏡及大腸直腸鏡）來做鑑別診斷，找出病因。尤其急性闌尾炎必須迅速確定診斷並立即接受手術治療，胃及十二指腸潰瘍必須靠內視鏡來發現，甚至可做切片檢查胃幽門螺旋桿菌的存在與否，並給予適切的根除治療（三合一或四合一療法）。

  　 另外，國人較西方人常見的肝膽疾病，諸如：Ｂ型肝炎，膽道閉鎖，也必須藉由腹部超音波來作診斷及追蹤，因此兒童腸胃科實際上應正名為『兒童肝膽胃腸科』，並不像成人胃腸科及肝膽科分得那麼仔細。本科另外的一項特色是「望屎知病」；很多疾病只要看到兒童的糞便就可推敲得知，例如：膽道閉鎖的小孩糞便是白色的，上消化道出血是黑色的，下消化道出血會有鮮紅色的大便，腸道發炎的大便是綠色的果膠，腸套疊則是草莓果醬大便等等，這可是別的科避之唯恐不及的苦差事，可是本科卻樂此不疲，因為糞便的顏色與性質對本科在疾病的診斷上實在太重要了。

●專有的腹部超音波及內視鏡檢查（包括上消化道內視鏡及大腸直腸鏡）和治療(包括內視鏡出血血　管捆綁術、內視鏡瘜肉切除術及食道狹窄擴張術)

●肝穿刺、腫瘤的病理組織抽吸術，在新生兒肝炎、膽道閉鎖及在疾病的追蹤上有相當程度的幫助。

●研究方面則分兩方面進行：一方面引進新的治療技術方法及觀念，提高醫療品質，讓治療更迅     速 ，更有效 ; 另一方面積極從事肝膽腸胃道的臨床或基礎的研究，尤其是利用分子生物學的     技 術 ，從事　細胞及動物的實驗，找出疾病的病理機轉，再藉以找出有效的治療方法，期望能運     用實驗的結果來　解決各種疑難雜症。

未來的發展：

    既然長庚醫院是一個教學醫院，本科未來發展的重點當然在教學研究上，教學方面，本科目前有二位第一年 fellow 及二位第二年fellow，在腸胃次專科的訓練上不遺餘力，甚至比之前有過之而無不及，將來必當以此為目標，訓練更多的腸胃次專科醫師，來為兒童服務，不過除了診斷及技術的訓練以外，更應該培養年輕一輩的醫師負責任的態度及視病猶親的心境，重視醫學倫理及尊重和保護病人的權利。研究方面則分兩方面進行：一方面引進新的治療技術方法及觀念，提高醫療品質，讓治療更迅速，更有效，並減輕病人因治療所承受的痛苦，另一方面積極從事肝膽腸胃道的研究，不論是臨床或基礎的研究，只要是對病人有幫助，都可以成為研究的主題，也是本科將來發展的重心，尤其是利用分子生物學的技術，從事細胞及動物的實驗，找出疾病的病理機轉，再藉以找出有效的治療方法，最後期望能運用實驗的結果來揭開疾病神秘面紗及解決各種疑難雜症。