沿革
高雄長庚眼科於民國七十五年創立，由林淑妍醫師擔任眼科首任主任，帶領眼科二名主治醫師及七位住院醫師，於民國八十二年七月提升為眼科系，設有次專科--視網膜科、青光眼科、眼整形科、角膜科、斜弱視科、眼屈光科等六個次專科。
民國八十四年十一月 高雄長庚兒童醫院開幕
民國八十五年十月由鄧美琴醫師繼任系主任一職，科內同仁成長至60人，科內儀器設備不斷擴充更新，更於八十六年耗資千萬，引進高雄地區第一部準分子雷射儀器為廣大眼鏡眼鏡族提供最新屈光矯正手術。
民國九十一年七月由郭錫恭醫師擔任第三任眼科系主任一職，目前科內成員有主治醫師15名、研究員2名、總醫師1名、住院醫師7名、門診技術員22名、手術室護理人員12名。系內分有次專科--視網膜科、青光眼科、斜弱視科、眼整形、眼角膜科
、兒童眼科等
次專科。
民國九十一年十二月
高雄長庚眼部美容暨近視雷射中心開幕
民國九十五年十月
高雄長庚復健大樓開幕，眼科遷移至復健大樓二樓
教學與研究
本科晨會為每週一至週四，每日上午7:15-8:15，包含Journal Reading、急診案例討論、Surgical Case
Review、特殊病例、外眼病例及視網膜病例討論、次專科分組討論、VS Teaching等教學活動，週五及週六則參與全院性演講及臨床病理討論會。
住院醫師、實習醫師皆參與主治醫師每日診療住院及門診病患，實地學習、參與手術之進行
，並於每月訓練結束前，安排於科內晨會發表訓練心得及繳交研讀報告。
對於研究員之訓練，除專科加強訓練外，亦提供他院區輪調訓練。