高雄長庚兒童醫院於84年落成啟用，兒童內科部於85年7月擴編成立。目前由黃高彬部主任率領37位主治醫師，分別在 兒童感染科、兒童神經內科、兒童血液腫瘤科、兒童心臟內科、新生兒科、兒童胃腸內科、兒童過敏免疫風濕科、兒童胸腔科、兒童腎臟科、兒童急診科、兒童遺傳科 等不同專科領域服務。
目前兒童內科部有一般病床、小兒加護病房、新生兒加護病房、中重度病房及嬰兒室共257床，有20位住院醫師在此接受一般小兒科及小兒次專科訓練。訓練完成後將是未來兒童醫院主治醫師的生力軍。
除了服務病患與教學訓練之外，兒童內科也積極鼓勵論文發表，並參與研究工作。在住院醫師的晉升及主治醫師的考核，都將上述二項列為重點考核項目。以期兒童內科部在服務、教學與研究各方面均能大步迎向未來的挑戰。
是目前南部地區所有醫學中心，小兒科次專科訓練最完善的醫院。
在臨床兒科的訓練中，除了充份的臨床資源也因為各個次專科完備，病人數目多且涵蓋十個次專科領域，可以達到深而且廣的兒科訓練。
每天固定有晨會，從一般出入院病例討論，主治醫師次專科教學，到與放射科、外科、病理科及其他相關科系，如婦產科、骨科都有定期的研討會及教學活動。
在臨床上，每天由各次專科主治醫師帶領住院醫師bed-side teaching and grand round，從學理、臨床到整個理學檢查都能吸收領會，不但是一般兒科的訓練充份完全，甚至次專科的探討也相當深入。
合理的住院醫師值班量，以不超過3天一班為原則，且逐年遞減。
合理的住院醫師薪資，值班津貼補助。
各個次專科都有其特色，三年住院醫師訓練結束，所有的兒科常見疾病均能有相當的經驗，所以歷年兒科專科醫師及格率百分之百，更進一步來說，也因次專科完善，將來的選擇多樣化，可有充足的訓練。本科部的研究設備完善，住院醫師均被鼓勵參與研究和論文發表，各個次專科的考試及格率也是百分百。
是南部地區病人數目最多，次專科訓練最齊全的兒童醫院。
擴充性、發展性良好，晉升管道通暢。
期望接受訓練後之住院醫師、研究員及主治醫師皆能有獨立之臨床診斷、治療、教學和研究之能力。