- 共有4位主治醫師，一起為南部兒童感染症病患服務，並在民國92年成為訓練感染科醫師的合格教學醫院
- 提供兒童感染症病童專業的醫療服務，包括門診及住院服務; 提供醫院其他科別有關兒童感染症的會診、諮詢服務。
- 本院為疾病管制局指定為腸病毒及登革熱重症病例後送醫院。
- 全國唯一的寄生蟲病和熱帶醫學特別門診。
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- 每年門診人數約二萬人次。
- 有設備完善的過敏、氣喘、免疫及風濕學基本設施，包括肺功能檢查機、多項目過敏原測定儀(MAST, CAP)等設施及配合實驗室齊全之分子生物基礎研究設備。
- 結合兒童醫院醫師及長庚大學臨床醫學研究所高雄分部相關的研究人員，成立了專屬之臨床及基礎醫學實驗室，以達成兼顧臨床、教學及研究的目的，期望接受訓練後之住院醫師、研究員及主治醫師皆能有獨立之臨床診斷、治療、教學和研究之能力。
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- 兒童心臟科
l 於硬體方面：使用的心電圖機、24小時心電圖記錄器、3D立體彩色超音波
機和心導管機，都是很好的設備，並且會適時更新。
l 於人員方面：目前本科由五名心臟專科醫師組成，其中一位正在美國進修，
另一位是長庚醫學研究所博士班學生，大家同心協力組成一個
醫療團隊，希望使所有心臟科病人得檢查和治療能越來越好。
l 於治療方面：對於很多的心臟病，例如心房中隔缺損、肺動脈瓣狹窄、肺血
管狹窄、主動脈瓣狹窄、主動脈弓窄縮、開放性動脈導管、冠
狀動靜脈廔管或周邊血管狹窄等，我們已成功地發展使用最新
的心導管術來治療，並發表多篇論文於SCI雜誌。
l 本科目前是中華民國心臟學會的正式訓練機構，也是介入性心導管術的治療中心。
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- 為南部最大、最完善的新生兒中心 (Newborn Center)，為南部民眾提供更好的醫療服務。
- 呼吸疾病是新生兒加護病房中最常見的問題。本院新生兒科配備有最完善的呼吸器，包括高頻呼吸器及吸入型一氧化氮，已挽救許多過去無法存活的呼吸衰竭病嬰。
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- l 於民國87年6月，成立中南部第一個兒童胸腔專科。
l 本科負責診治18歲以下兒科病患所有呼吸道及胸腔疾病，常見疾病如：先天呼吸道、肺部異常、慢性咳嗽、急慢性鼻炎、鼻竇炎、氣喘、哮吼、氣管炎、肺炎及氣道異物等。
l 本科特殊檢查：肺功能、胸部超音波及累積超過一千例之嬰幼兒軟式支氣管鏡檢查。
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- 專有的腹部超音波及內視鏡檢查（包括上消化道內視鏡及大腸直腸鏡）和治療(包括內視鏡出血血管捆綁術、內視鏡瘜肉切除術及食道狹窄擴張術)
- 肝穿刺、腫瘤的病理組織抽吸術，在新生兒肝炎、膽道閉鎖及在疾病的追蹤上有相當程度的幫助。
- 研究方面則分兩方面進行：一方面引進新的治療技術方法及觀念，提高醫療品質，讓治療更迅速，更有效 ; 另一方面積極從事肝膽腸胃道的臨床或基礎的研究，尤其是利用分子生物學的技術，從事細胞及動物的實驗，找出疾病的病理機轉，再藉以找出有效的治療方法，期望能運用實驗的結果來解決各種疑難雜症。
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l 高雄長庚醫院於民國80年起，開始設立小兒血液腫瘤科。求診的小兒癌症和兒童血液疾病的患者日漸增多，病患遠自澎湖、嘉義，南至恆春、台東。
l 每年新病患的個案數，約佔全國的1/8，高雄長庚儼然成為治療南台灣兒童癌症的重鎮。
l 本科本著不斷研發治療新法及加強並提高醫療品質之精神。兒童癌症的治癒率不斷提升；除此之外，更鼓勵教學研究，吸引更多的專業醫師一起投入兒童血液腫瘤的領域。
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- 兒童神經科
本科自民國75年元旦，由黃嵩雀醫師創立，以促進兒童的健康及神經心智發展為宗旨。服務的病童包括：1. 發展障礙-如腦性麻痺、智障、自閉症、學習障礙、過動症等；2. 兒童痙攣-如熱痙攣、兒童良性癲癇、兒童頑固型癲癇；3. 神經肌肉病變-如神經炎、肌炎、肌肉營養症、重症肌無力等；4. 不自主動作症候群-如Tic、妥瑞症、過動症、張力失調症；5. 先天性腦部發育異常-如裂腦症、胼胝體發育不全、小頭症、大頭症、水腦症；6. 代謝性腦病變-如粒腺體疾病、維他命B6缺乏症等；7. 急性腦症-如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、重積型癲癇、腦血管拴塞及腦出血。
本科的特色為：1. 整合兒童復健科、兒童心智科、兒童耳鼻喉科、兒童眼科及兒童內科各次專科，提供兒童全面性的評估與治療；2. 多樣的檢測工具-如南台灣唯一的24小時錄影腦波記錄，可對難治療的癲癇病童做長時間的腦波監測; 如氨基酸、有機酸的代謝檢查（與林口長庚合作）；3. 24小時的兒童神經急症照會處置，以在第一時間將腦傷減至最低；4. 重視病童家屬的心理需求，如最近與社工合作，舉辦「特殊的孩子，特殊的病」演講，請家庭治療大師蒞臨演講。
本科目前共4位主治醫師，黃嵩雀醫師是台灣最有經驗的兒童神經科巨擘；張瑛玿醫師目前擔任科主任，專長於兒童神經認知發展、兒童痙攣及早期腦傷；黃立同醫師致力於嬰幼兒抽痙的研究；洪碧蓮醫師專長神經肌肉病變及早產兒腦病變之研究。
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- 兒童腎臟科
l 提供血液透析、腹膜透析服務，目前有多為長期洗腎病患定期追蹤
l 兒童尿床
l 血尿、蛋白尿之照顧
l 一氧化氮（NO）和各次專科相關性之研究
l 目前有兩位主治醫師（田祐霖醫師、林志中醫師）
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- 兒童遺傳內分泌科
l 高雄長庚兒童醫院於民國87年起開始設立兒童遺傳內分泌科，目前有一位專任主治醫師及一位兼任醫師。
l 本科服務及照顧範圍包括：兒童糖尿病、兒童肥胖症、兒童生長及發育相關問題，兒童相關之內分泌病患、先天性代謝異常、先天性異常罕見疾病及相關之遺傳諮詢。
l 研究方面：主要致力於分子生物之基因診斷及基因功能之研究，尤其在狄蘭氏症後群（Cornelia de Lange Syndrome）之研究，本科之專任主治醫師在英國作博士研究時，是致病基因發現者之一。其結果發表在自然遺傳（Nature Genetics）之雜誌上。
l 未來展望：成立跨科系遺傳諮詢門診，優美、放鬆之諮詢環境，個案之加強輔導及追蹤，遺傳諮詢中心之籌畫。
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- 為提昇急重症兒童的服務水準，民國八十四年，高雄長庚兒童醫院創院，同時也成立了兒童急診科，成為南台灣第一個有專職主治醫師的兒童急診科。
- 自90年8月，已達到全天候24小時都有主治醫師駐診的目標。
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